La etapa española de la obra de Gaspar Becerra, desarrollada al volver de Roma, se divide en dos tipos de obras, una religiosa y otra de un gusto manierista cortesano, caracterizado por la temática mitológica y alegórica. Esta alternancia temática fue posible gracias a la estancia romana del artista de Baeza.

Precisamente será después de su regreso a España, en la primavera del año 1557, cuando tengamos una mejor percepción de la andadura de Gaspar Becerra, debido a las importantes empresas para las que fue solicitado su magisterio y capacitación artística. Quizás fue Diego Hurtado de Mendoza, embajador en Roma cuando Gaspar Becerra se encontraba en la ciudad, quien le presentó a doña Juana de Austria, hermana de Felipe II, y quizás fue ella la que le presentó al monarca, que no le contrató de hecho hasta agosto de 1563, aunque había disfrutado de los servicios de Becerra desde septiembre de 1562.

Tras contratar algunas obras menores en la diócesis de Astorga -custodia para la iglesia de San Martín de Torres, retablo de San Miguel en la iglesia de Casoio, retablo de Dehesas de San Pedro-, Becerra empezó a encargarse como pintor real de las decoraciones del palacio del Pardo, del Real Sitio de Valsaín y del Alcázar Real, llevadas a cabo casi contemporáneamente, además de realizar el desaparecido retablo de las Descalzas Reales, ya analizado. Lo único que ha quedado de estas decoraciones se encuentra en la torre sudoeste del palacio del Pardo, conocida popularmente como "torre de la reina", en una sala que según Argote de Molina servía como aposento de la camarera de la reina, pero que, por la riqueza de su ornamentación, se ha supuesto utilizada como recibidor por Isabel de Valois. La labor de Becerra en el Pardo debió empezar en abril de 1563, siendo concluida tras su muerte, en mayo de 1568, con el dorado de los estucos de la bóveda.

Aunque actualmente solo podemos ver la ornamentación de la bóveda y parte de los frescos que decoraban los tres vanos de las ventanas, que habían sido cubiertos por muros o encalados, las paredes de la sala también tenían pinturas al fresco, pero parece que desaparecieron en la Guerra de la Independencia.

La bóveda de la estancia se halla decorada con nueve pinturas colocadas dentro de marco de estuco, con arreglo al sistema italiano conocido como "cuadri riportati", en las que le ayudaron Giovanni Battista Castello y Rómulo Cincinnato. La vocación de Becerra hacia lo mitológico y el empleo de la técnica al fresco aprendida en Roma, dan a su arte una importancia singular en la España del momento.

En el despiece general de la bóveda, la historiadora García-Frías, autora de una interesante y minuciosa monografía a raíz de su última restauración, ha propuesto con buen criterio la inspiración en la solución adoptada en la capilla de Lucrecia della Rovere en el templo romano de la Trinitá dei Monti, donde colabora Becerra a las órdenes de Daniele da Volterra. La elección de la historia de Perseo para esta decoración puede responder -en opinión de Angulo- a deseos de Felipe II, pues el héroe mitológico encarnaba el ideal de prudencia y la necesidad de una guerra, la religiosa que el monarca español mantiene con Inglaterra.

Las nueve escenas muestran la apoteosis de Perseo en el centro y a su alrededor Dánae recibiendo la lluvia de oro (imagen superior), el nacimiento de Perseo, el embarque de Dánae y su hijo, Perseo despidiéndose de su madre y Polidectes, Perseo recibiendo los dones de Mercurio y Minerva, Perseo llevándose el ojo de las greas, Perseo cortando la cabeza de Medusa y Perseo volando con la cabeza de Medusa de cuya sangre nace Pegaso. Como hemos apuntado, la historia completa continuaba en los muros con otros episodios, perdidos actualmente, y entre los que destaca la liberación de Andrómeda, mencionada por Ponz y Ceán y conocida por un dibujo del monasterio del Escorial recientemente puesto en relación con las pinturas del Pardo.

En esta obra, la más estimable que se conserva de Gaspar Becerra dentro del ámbito pictórico -y el único de sus encargos filipinos que se conservan-, podemos ver influencias especialmente italianas, incluidas resonancias de Miguel Ángel. Observamos también en ellas un gusto por el color un tanto inusitado entre los pintores manieristas coetáneos al baezano, y una matizada armonía de tonos profusamente delicados y especialmente pictóricos, que sirven de referencia para calibrar el fuste del artista, bien dispuesto para la desintegración de la forma, según los postulados de la "maniera" que cultiva para servir las exigencias de las decoraciones reales.