El Ecce Homo, actualmente en el Museo Diocesano y Catedralicio de Valladolid, fue realizado hacia 1612-1615 por Fernández. La imagen mide 1,68 metros de altura. Está labrada en bulto redondo y pintada totalmente, sin duda debido a su carácter procesional.

Obra del primer periodo del maestro, impregnada aún por el empuje manierista, la figura de Cristo es un desnudo blando. Es una escultura con evidentes recuerdos del mundo clásico, tanto en su actitud como en el demorado y sabio estudio de su anatomía. El cuerpo recogido sobre sí mismo, con un arqueamiento tan clasicista que se diría inspirado en las esculturas de Venus. Incluso la forma de cruzar los brazos sobre el pecho recuerda a las esculturas de esta diosa. Dulce movimiento, contrabalanceado en el cuerpo. Piernas en contraposto. Una gran atención puesta en el dorso. Espaldas atléticas, con un profundo surco en la espina dorsal. Los brazos al replegarse sobre el pecho hacen que se comben los músculos, mientras los dedos se extienden, evitando toda rigidez.

Puede decirse que es el desnudo de Fernández más hermoso y mejor tratado anatómicamente. La imagen está completamente tallada, es decir, que tiene tallados los geniales, aunque se encuentra tapado por el paño.

La esbeltez del cuerpo acredita la dependencia de los modelos manieristas. No hay duda de que en Fernández han pesado modelos próximos, incluso las bellas anatomías de Juan de Bolonia. Ese afán, además, de captar todos los puntos de vista, prueba su destreza. Todo el cuerpo gira al deslizarse en torno la mirada del contemplador. Además, es un desnudo blando y carnoso. Bellísima cabellera ondulada, muy bien trazada por el dorso.

Se cubre con un paño de pureza no labrado -caso único en Fernández-, sino de lienzo encolado, al estilo de los antiguos pasos procesionales. Hay que recordar que en la época en que se hacía esta pieza, la mayor parte de los pasos procesionales eran de "papelón", es decir, de cartón y tela. Tiene el paño un nudo en la cadera. Sin duda las quebraduras del encolado serían las inspiradoras de los pliegues quebrados.

Tiene encarnación a pulimento de un hermoso tono rosado. La boca está abierta y los ojos, hechos de cristal, miran con una expresión de resignación. Posee heridas y regueros de sangre, pero moderadamente, como se aprecia en la espalda.