Desde el segundo tramo hasta los pies corresponde la parte renacentista de la Catedral de Baeza, construida tras el desplome de 1567. Fue trazada por Andrés de Vandelvira, continuando las obras el arquitecto Francisco del Castillo (que las dirige desde la muerte de Vandelvira, en 1575, hasta su traslado a Granada en 1584) con la colaboración de Cristóbal Pérez de Leiva. Tras ellos, continúan la labor Alonso Barba y Juan Bautista de Villalpando, quedando desde 1592 hasta 1593 Cristóbal Pérez como único responsable de las obras.

La Capilla Dorada es quizás la más importante y bella de todas las de la Catedral de Baeza. Fue fundada en 1598 por el Deán de la Catedral de Lima, Pedro Muñiz de Molina, junto con su padre Cristóbal de Molina y su primo Gonzalo de Molina. Después pasó por herencia a Francisco de Cabrera Godoy. Su portada es un arco de medio punto moldurado con ménsula en la clave, enmarcada por pilastras corintias -con fuste decorado con ondas entrelazadas- sobre pedestales -igualmente decorados con figuras alegóricas-. En las enjutas se disponen dos figuras femeninas. Sobre el entablamento con friso corrido se dispone un gran relieve de la Anunciación, coronado por un frontón curvo partido, y flanqueado por las figuras de Daniel e Isaías con los escudos de Cabrera y Muñiz-Molina. El escudo de los Cabrera-Godoy decora la verja protobarroca, realizada hacia 1621, que cierra la capilla.

En su interior, dividido en dos tramos, observamos un espacio rectangular, de marcado carácter italianizante. Se cubre con bóveda de casetones y cúpula sobre pechinas, con abundante y extraordinaria decoración estucada de estilo manierista: molduras, casetones, motivos heráldicos, motivos florales, relieves alusivos a la Gloria, etcétera. Encontramos también capillas hornacinas destinadas a sepulcros, dotadas de una rica decoración escultórica donde sobresalen los relieves de la Adoración de los Pastores y la Epifanía o Adoración de los Reyes, con ricos simbolismos en su intradós. La puerta de la sacristía de la capilla, abierta en el muro de la Epístola, próxima al retablo, queda enmarcada por molduras y decoración floral. Sobre ésta, a modo de copete, hallamos el escudo de los Godoy, acompañado por figuras alegóricas y jarrones.

El retablo, realizado en 1621 por Sebastián de Solís, de gran empaque clasicista, se articula en sólo dos cuerpos sobre banco, divididos éstos en tres calles por sendas columnas corintias de orden colosal. Conserva toda su decoración escultórica -el relieve de la Natividad de la calle central del banco, las dos figuras del Antiguo Testamento recostadas en las calles laterales del banco y la figura de Dios Padre en la Gloria que remata el retablo, acompañado por el Espíritu Santo rodeado de ángeles- a excepción de las dos figuras principales de la gran calle central que representaban la Anunciación -la Virgen y San Gabriel-, si bien se conserva de la escena el jarrón con las azucenas, símbolo de la pureza virginal de María.