Según Hernández Díaz, si gran interés pondría Andrés de Ocampo en todas las piezas contratadas, mucho más debió dedicar a esta magna obra, el retablo mayor del monasterio cordobés de Santa Marta, pués Isabel de Torres, hija de su primer matrimonio, era monja profesa de la comunidad de religiosas jerónimas que regentaba el cenobio. Aunque ya en 1582 había convenio entre el escultor y la abadesa para hacer el retablo -sufragado parcialmente por el monarca Felipe II-, la escritura notarial definitiva no se otorgó hasta diez años después, cuando el artista lo ofrece como parte de la dote de su hija. En 1596 ya estaba terminado.

La traza del retablo, que podría ser también de Ocampo, se compone de banco, dos cuerpos y un gran ático. Se ajusta a los esquemas tardomanieristas de inspiración serliana con uso de registros adintelados y hornacinas. Tiene siete calles, de las cuales son calles propiamente tres y las otras, cuatro entrecalles. Mide 835 x 117 cm.

Solo la parte correspondiente al tabernáculo central, donde se halla una imagen de la Inmaculada Concepción, ha podido ser reformada, siendo añadidas en época barroca motivos de talla y la cartela del pelícano. De acuerdo a los cánones manieristas, presenta resaltos en el banco y columnas con tercio inferior diferenciado para articular las calles y las entrecalles de los cuerpos.

Pinturas y esculturas de diferentes manos y épocas se sitúan en los registros adintelados y las hornacinas, respectivamente, entre columnas corintias y compuestas. Alternan hornacinas para escultura, en las calles impares, y registros para pinturas, en las pares; a excepción de la central, que luce una pintura en el primer cuerpo, además de las esculturas, y el banco, que solo tiene pinturas. La policromía se concertó en 1604 con Andrés Fernández, colaborando también en la misma Cristóbal Álvarez.

La parte escultórica se compone de las estatuas de San Matías, San Juan Evangelista, San Juan Bautista y San Andrés, en el primer cuerpo; San Lorenzo, San José con el Niño, San Agustín de Hipona, San Francisco de Asís y San Jerónimo penitente -este último procedente del Real Monasterio de San Jerónimo de Valparaíso (Córdoba)- en el segundo cuerpo; y Santa Catalina, Santa Marta -procedentes del convento sevillano de San Pablo- y Santa Paula en el ático, donde remata el conjunto un Cristo crucificado.

Tanto Hernández Díaz como otros historiadores consideran que el crucificado original que coronaba la fábrica es una pieza que se conserva también en el monasterio pero actualmente separada del retablo. Es un Cristo muerto muy interesante cuyas dimensiones son 110 x 105 cm.

La parte pictórica se compone de San Eustaquio, Santa Inés, San Acisclo, Santa Victoria, Santa Flora, Santa María, Santa Catalina y Santa Lucía, en el banco; la Santísima Trinidad y Santa Paula, en el primer cuerpo; la Oración en el Huerto y Cristo con la cruz a cuestas (Nazareno), en el segundo cuerpo; y San Jerónimo penitente y Santa Paula, en el ático, ambas circulares. En las pinturas consta la intervención de Baltasar del Águila.