El alzamiento del general Franco contra el Gobierno de la Segunda República, el 18 de julio de 1936, desencadenó el inicio de la Guerra Civil española. El estallido del conflicto originó ataques y actos de pillaje contra el patrimonio cultural, especialmente el eclesiástico. Ante esta situación, la Generalitat de Cataluña intentó poner orden y promulgó disposiciones, como el Decreto de incautación de colecciones artísticas y arqueológicas del 24 de julio de 1936, para posar freno al saqueo cultural de Cataluña.

Con la voluntad de proteger el patrimonio arqueológico del país, el 31 de julio de 1936, la Generalitat creó también la Comissaria General de Museus Arqueològics de Catalunya, con Pere Bosch Gimpera al frente. Fue entonces cuando el Museu d'Arqueologia de Barcelona pasaría a denominarse Museu d'Arqueologia de Catalunya, con el objetivo de amparar y controlar tanto los Museos Arqueológicos del territorio catalán como el resto de su patrimonio arqueológico. Las disposiciones tomadas por la Generalitat salvaron de la destrucción y el pillaje numerosos objetos artísticos y arqueológicos que se encontraban en iglesias y colecciones particulares, especialmente en Barcelona. Muchos de estos bienes, pasarían a integrarse a las colecciones del Museo de Arqueología de Cataluña. El museo también colaboraría activamente en la restauración de múltiples obras de arte, que, a menudo, llegaban lamentablemente malogradas a su taller de restauración.

Paralelamente a la actuación de los servicios de la Generalitat, en muchas ciudades y pueblos de Cataluña se organizaron también, a menudo de manera espontánea, otras entidades culturales, así como personas, con el objetivo de parar la furia destructiva de las masas, poniendo incluso en riesgo sus propias vidas. Entre ellas hay que destacar la presencia de numerosos intelectuales y artistas de la época, como por ejemplo Frederic Marés.

La destrucción de patrimonio se convirtió durante la Guerra Civil española en un campo de propaganda y de contra-propaganda. El franquismo pretendía internacionalizar el descrédito de la barbarie salvaje, mientras que la Generalitat de Catalunya trataba, por todos los medios, de oponer a esta visión una imagen de civilización organizada, que sin negar la evidencia de los hechos, minimizara el impacto. Así, el Comissariat de Propaganda de la Generalitat, dirigido por Jaume Miravitlles, no paró de promover acciones reparadoras y reivindicativas, como lo muestran varias publicaciones vinculadas, poco o mucho, a la gran exposición de arte catalán presentada en 1937 en el Musée du Jeu de Paume de París.

Con el estallido de la Guerra Civil y el inicio del vandalismo revolucionario, el director del Museu d'Arqueologia de Catalunya, Pere Bosch Gimpera ordenó la retirada de todos los materiales y objetos expuestos en las vitrinas del museo, así como la protección in situ de aquellos que no podían trasladarse a un lugar más seguro. Las colecciones retiradas se embalaron en cajas y fueron depositadas en varios refugios improvisados en el mismo edificio. La intensificación de los bombardeos franquistas en Barcelona a partir de marzo de 1938 por la aviación italiana, provocó un giro de 180 grados en la política de protección del museo. La Conselleria de Cultura, que ya había ordenado la evacuación del Museu d'Art de Catalunya en Olot, decidió también salvaguardar los bienes del Museu d'Arqueologia fuera de Barcelona. En consecuencia, se procedió a un nuevo embalaje de todos sus objetos y su traslado en camiones a un depósito habilitado en el Mas Perxers de Agullana (Alt Empordà). Allí también se almacenarían otras colecciones arqueológicas catalanas importantes procedentes de Tarragona y Girona, conjuntamente con varias piezas artísticas, muchas procedentes de la catedral de Barcelona.

El inexorable avance de las tropas franquistas y el asalto a Cataluña fue ya imparable después de las batallas del Segre y del Ebro. El repliegue del Gobierno de la República y de la Generalitat hacia la frontera francesa se produjo a lo largo de enero de 1939, con los nacionales a las puertas de Barcelona. En esos momentos Cataluña no solo custodiaba todo su patrimonio sino que también era depositaria de muchos bienes pertenecientes al patrimonio artístico del Estado español, los cuales la Junta Central del Tesoro Artístico de la República había llevado a varios depósitos de Perelada, la Vajol y Figueres. Un acuerdo entre el Gobierno de la República y el Comité Internacional para el Salvamento de los Tesoros Artísticos Españoles, firmado en Figueres el 3 de febrero de 1939 (que, a regañadientes, tuvo que ser aceptado por la Generalitat de Cataluña), propició una actuación coordinada para la salida de las obras de arte hacia Ginebra (Suiza), donde tendrían que quedar bajo la protección y custodia de la Sociedad de Naciones. Así, entre los días 4 y 9 de febrero de 1939, bajo las órdenes del comandante de carabineros Alexandre Blasi, atravesarían la frontera francesa más de 70 camiones con la mayor parte del tesoro artístico y cultural español y catalán almacenado hasta entonces en los depósitos ampurdaneses. Todo esto, bajo los persistentes bombardeos franquistas, una metereología inclemente, y teniendo que compartir ruta con una ingente masa de personas que, caótica y desesperada, huía hacia el exilio.

Barcelona cayó en manos franquistas el 26 de enero de 1939, y el 1 de abril del mismo año, el general Franco proclamaba oficialmente su victoria y el final de la guerra. Un nuevo orden de corte fascista y centralista se impondría uniformemente en todo el Estado. Para adaptarlo al nuevo orden político, las autoridades franquistas reorganizarían profundamente el Museu d'Arqueologia de Catalunya, arrebatándole el discurso y el rol nacional catalán que le había otorgado la Generalitat republicana, e imponiendo el castellano como lengua única de la institución. De acuerdo con las nuevas orientaciones, el 31 de julio de 1939, el Museu d'Arqueologia de Catalunya pasó a denominarse Museo Arqueológico de Barcelona, y como el resto de museos provinciales españoles, quedó bajo la administración de la Diputación de Barcelona. Un joven alférez falangista, Martín Almagro Basch, llegado a Barcelona en enero de 1939, fue nombrado director. Con el retorno de las colecciones evacuadas en Suiza, durante los meses de mayo y junio de 1939, el museo recuperó su fisionomía de antes de la guerra, abriendo de nuevo sus puertas al público el 3 de agosto de 1939. La prensa franquista de la época hizo de la reapertura un emblema de la eficacia del nuevo régimen, difamando la actuación del Gobierno de la Generalitat, y, especialmente, la figura del anterior director del museo, Pere Bosch Gimpera, ahora exiliado, que fue calumniado en varios artículos, acusándolo, falsamente, incluso de robo.