A la Capilla de la Inmaculada, de la Purísima o del Monumento -como también es llamada por haber sido planeada y decorada para instalar en ella el Monumento del Jueves Santo- se accede a través de una puerta situada en el zaguán del Colegio. La bóveda presenta frescos de Tomás Hernández (siglos XVI-XVII).

En el centro del altar, presidiendo la capilla, la hermosa talla en madera policromada de la Inmaculada Concepción, obra de Gregorio Fernández (1576-1622) o su escuela. Fue regalada al colegio, en 1640, por los condes de Castro, y es una de las imágenes más antiguas de su iconografía en España. Es tal su finísima y acertada composición, que se llega a dudar si sus vestiduras son de tela. A la altura del rebanco, en otro nicho inferior, Piedad, escultura de Cristo Yacente, labrada por el escultor Gaspar Giner (siglos XVI-XVII).

En las paredes cuatro maravillosos tapices flamencos del siglo XV que muestran escenas del Antiguo Testamento. Fueron regalo al Patriarca de su padre, don Perafán de Ribera. De ahí que, al construir la capilla, se atendiera a conservar dignamente estos tapices, notables tanto por su valor artístico como el inestimable recuerdo paterno que evocaban.

Saliendo de nuevo al zaguán nos dirigimos al claustro. Es la parte más hermosa del edificio y está considerado como una creación magistral de la arquitectura valenciana, así como el más bello claustro del Renacimiento en España. Diseñado en 1607 por Guillem del Rey, autor como ya se ha dicho en el primer capítulo de casi toda la estructura arquitectónica del edificio, constituye su obra maestra.

Consta de dos señoriales arquerías superpuestas que se apoyan sobre sesenta columnas de mármol de Génova, mandadas labrar por los duques de Pastrana y príncipes de Éboli para un palacio que proyectaban construir en Madrid. Queda así ordenado el conjunto por veintiséis arcos de medio punto en cada una de dichas galerías alta y baja, a base de ocho laterales y cinco extremos, frente por frente; toda la obra construida en mármol blanco y con zocalada de azulejos realizados en Talavera de la Reina, dando como resultado una síntesis en la que la sobriedad y la magnificencia se funden y culminan.

Presidiendo, en el centro del patio, se eleva la estatua sedente de San Juan de Ribera, obra de genial inspiración del valenciano Mariano Benlliure. En este monumento, que armoniza insuperablemente con la sobriedad decorativa del claustro, se evidencia la compenetración espiritual con que logró traducir el artista todas y cada una de las cualidades del Patriarca, y maravilla el arte con que supo plasmar la distinción entre la carne y los vestidos, y en éstos la diferenciación entre paños y linos de los hábitos patriarcales. Hasta 1896 presidía el claustro una fuente con una escultura romana, apodada La Palletera, hoy en el rellano de la escalera principal.

Desde el claustro se accede por una pequeña escalera al museo, recientemente remodelado. La selección de obras ha sido hecha teniendo en cuenta preferentemente su adaptación al espíritu y carácter que infundiera el Patriarca en su obra. Comprende una valiosa colección de pinturas pertenecientes en su mayor parte a los siglos XVI y XVII más acusadamente expresivas, en calidad y significación, de la pintura vigente en la Valencia del momento, plenamente influida por el espíritu de la Contrarreforma.

A la izquierda pueden ver el Nazareno, una tabla atribuida al pintor valenciano Juan de Juanes en la que vemos a Cristo con la cruz a cuestas, sobre un fondo de paisaje montañoso con lejanas figuras y restos ruinosos de una arquitectura clásica. Hay que destacar el tono sereno y equilibrado de la composición, así como las muestras de repintado que se advierte en varias partes.

A la derecha, San Francisco y Fray León Meditando sobre la Muerte, lienzo de El Greco en el que aparece el santo contemplado por Fray León, meditando de rodillas con una calavera en las manos. Para Fernando Benito, es obra de taller, ya que su pincelada relamida y la preocupación perfeccionista del dibujo, especialmente en las manos, no concuerdan con ese tratamiento más grumoso de la producción mejor del pintor cretense.

A la izquierda, el lienzo de Santa Clara, recientemente asignado por Fernando Benito -tras por pasar por distintas atribuciones: Sariñena, Ribalta e incluso El Greco- al pintor italiano de temas religiosos, y destacado retratista, Scipione Pulzone (1550-1598), con el que acusa notables coincidencias formales y de estilo, como figuras coloreadas con tintas frías y definidas con trazo seguro, aunque un tanto calculado y académico. Nos presenta a la santa de medio cuerpo, sujetando con ambas manos una custodia; una ventana al fondo deja entrever una ciudad amurallada con los infieles derrotados ante sus puertas.

A la derecha, Descendimiento, una tabla del siglo XV que representa a Cristo muerto, sostenido por José de Arimatea, mientras a su izquierda la Virgen y Nicodemo contemplan al Crucificado. Se trata de una de las muchas copias conocidas sobre el mismo tema, que reproduce un original del pintor místico flamenco Roger van der Weyden, y en la que se pueden apreciar los acusados caracteres de éste: marcado patetismo, minuciosa recreación de los detalles e intenso expresionismo de los rostros, a la vez que un dibujo incisivo, colorido extraordinario y un gran equilibrio en la composición.

A la izquierda, Descanso en la Huida a Egipto, una obra bellísima, además de una copia -una más entre las varias que se hicieron- de la pintura original existente en El Vaticano, debida a Federico Barocci (1526-1612), y de la que toma la armonía del colorido, la delicadeza del claroscuro, y las expresiones tiernas y encantadoras de las figuras, si bien con un colorido menos audaz y una mayor dureza de líneas.

A la derecha, Crucificado de estilo Románico, tallado en madera y perteneciente a las clásicas Majestades del periodo. Se fecha en el siglo XIII.

A la izquierda, un lienzo que representa a Cristo Atado a la Columna, debido a la paleta del pintor renacentista Juan Sariñena (hacia 1545-1619), figura preeminente en la Valencia de finales del siglo XVI, con composiciones muy gratas y aún clásicas, de dibujo correcto y vigoroso colorido. Su arte, inclinado más a la copia que a la creación, sobresalió en el retrato, con figuras casi siempre aisladas que se destacan sobre fondos tenebrosos, tal y como podemos apreciar en esta obra.

A la derecha, sobre sencillo pedestal y dentro de una vitrina, Cruz tallada en madera de boj, de estilo bizantino y catalogada en el siglo XVIII. A pesar de sus reducidas dimensiones, contiene cuarenta y cuatro escenas distintas, labradas con sorprendente minuciosidad, del Antiguo y Nuevo Testamento, esculpidas por los monjes de los monasterios del Monte Athos, en Grecia.