Juan José Martín González adjudicó a Fernández las esculturas del tabernáculo del retablo mayor de la Parroquia de la Inmaculada Concepción en Villaveta (Burgos), encuadrables dentro de su primer período. Unos años antes Alfonso Pérez Sánchez consideró el tabernáculo como obra "muy fina, del estilo vallisoletano inmediato a Gregorio Fernández". Gracias al manuscrito redactado en 1702 por el entonces párroco Ildefonso Francés Gil sabemos que el tabernáculo fue adquirido en 1626 de las madres carmelitas de la ciudad de Burgos.

Es muy probable que este tabernáculo fuera obra exenta y única; pudo haber sido proyectado para un retablo, como era normal, pero tal vez no prosiguió el encargo o no quedó debidamente cumplimentado. Desde luego en el citado convento carmelita burgalés no hay restos de ningún retablo, pues la Santa Teresa de Ávila que se guarda en clausura es obra independiente y más bien copia de Fernández.

La arquitectura del tabernáculo es la clásica correspondiente al primer tercio del siglo XVII. Consta de un orden principal tetrástilo, de columnas entorchadas y capitel corintio. En el centro se halla la puerta del sagrario, adornada con un relieve del Salvador; a los lados, dentro de hornacinas, esculturas de San Pedro y San Pablo (46 cm de altura). Sobre la línea de la cornisa emerge un frontón que remata la calle central. El segundo cuerpo es semicilíndrico; dentro de hornacinas se disponen las esculturas de San Juan Bautista (32 cm), Salomón y David (35 cm cada uno).

Una reciente restauración ha recuperado el Cristo Resucitado que remataba el tabernáculo, hasta entonces sustituido por una Inmaculada Concepción y guardado en la sacristía del templo.

Han de mencionarse, asimismo, dos relieves que sirven de fondo, efigiando dos Virtudes, y otras dos esculturas de San Pedro y San Pablo, que también se han recuperado con la restauración y que figuran en las esquinas del segundo cuerpo. Acaso fueran el modelo suministrado por el autor, cosa que alguna vez figura en los contratos, o que se hicieran con medidas erróneas; es decir, resultaran demasiado pequeñas (miden 40 cm) y la comunidad exigiera otras mayores, quedándose también con las primeras.