El estado de conservación de la madera presentaba varias alteraciones: ataque de insectos xilófagos, grietas, elementos desencolados y rotos, y una hornacina del entablamento desprendida. Sin embargo, la patología más evidente era las pérdidas del soporte que afectaban a muchos elementos, tanto estructurales como decorativos, y sobre todo a algunas partes del basamento, como por ejemplo el plafón central de la predela y los escalones. Faltan también, como hemos apuntado, las imágenes originales.

En cuanto a la capa pictórica, se encontraron levantamientos puntuales y pérdidas de policromía, dorados y corlados. Había también gran cantidad de polvo, salpicaduras de orín de murciélago -que habían penetrado fuertemente en el temple del jaspeado-, nidos, restos de animales y excrementos por el reverso.

En cuanto a las intervenciones anteriores, destacan los repintes turquesas que tapaban todas las corladuras de las molduras y las columnas, así como una pintura plástica que cubría todos los marmoleados del piso inferior. También había un tejido que escondía la pérdida casi total de la predela, plafones de DM que tapaban los orificios del lado del altar, y una escalera añadida, en sustitución de la original, pero más pequeña.

La intervención de conservación y restauración se ha encaminado, por un lado, a asegurar nuevamente la estabilidad estructural de todas las piezas del retablo y, por otra, a recuperar la lectura estética original de la superficie pictórica, con la limpieza de la policromía, la doradura y los laqueados, y la eliminación total de los repintes burdos y estridentes que escondían la policromía original.

A nivel estructural, se han reintegrado volumétricamente, con madera de cedro, los elementos desaparecidos del banco. Se ha hecho una reconstrucción de los volúmenes perdidos sin reproducir decoraciones. Todos estos nuevos elementos se han teñido para crear un juego de varios tonos y evitar, así, una gran superficie de aspecto plano que pudiera restar protagonismo a la obra original. También se ha pintado el pie del altar con un tono similar al de la piedra, más neutro, para eliminar, así, el antiguo tono rosado que distraía al espectador.

Por último, a nivel de capa pictórica, hay que destacar el proceso de limpieza, que ha sido diferente según la superficie a limpiar y la naturaleza del repinte o suciedad a retirar. Esta limpieza del retablo ha permitido redescubrir los colores originales del mismo.