De entre las obras de Juan de Mesa en Lima destacan dos crucificados. Uno de ellos es el Santísimo Cristo de la Buena Muerte, una talla de la que en el año 2024 se cumplió el IV centenario de su hechura y que puede ser visitada todos los días del año en la Basílica Menor y Convento de San Pedro de Lima (Compañía de Jesús), también Santuario Arquidiocesano del Sagrado Corazón de Jesús.

El otro Crucificado, según Rojas-Marcos, fue contratado el 29 de diciembre de 1626 por el capitán Fernando de Santa Cruz y Padilla, en madera de cedro, en blanco sin policromar, de dos varas y más de alto, fijado con clavos de hierro de cabeza redonda a una cruz grande de borne, tosca, imitando un tronco descortezado, con su título, en el precio de 1800 reales. Fue Hernández Díaz quien relacionó con Mesa este Crucificado que se venera en la iglesia conventual limeña de Santa Catalina (monjas dominicas), y Bernales Ballesteros quien lo identificó con el contratado por el capitán.

La obra posee las características propias del tema, magistralmente interpretado por el imaginero cordobés. Jesús, ya fallecido, inclina la cabeza hacia su derecha (Jn 19, 30). Su figura se inscribe en un triángulo, al estar fijado con tres clavos al madero cilíndrico y sin desbastar. La anatomía, corpulenta, responde a la consulta del natural. Cubre su desnudez un paño de pureza cordífero. Rodea su testa una corona de espinas, tallada en el bloque craneal.

Luis Miranda añade que se envió en blanco para policromarse ya en América, como era habitual y que hasta solo hace pocas décadas se le ha podido identificar porque durante años llevó sudario de tela bordada que despistaba. Ahora lleva uno tallado, pero en absoluto a la altura de los que hizo Mesa. Como los suyos, es un Cristo vencido por la muerte y con brazos de anatomía poderosa que sostienen el cuerpo ante la fuerza de la gravedad. Todavía se le nota el dolor en el rostro a este Cristo, que adelanta algo la rodilla derecha en la composición.

El limeño de Santa Catalina fue el décimo y último crucificado conocido de Mesa, pero todavía firmó otro: es el único contrato que se conoce del año 1627 y lo firmó el 18 de mayo, con un plazo de ocho meses, cuyo final no llegó a ver, y por un precio de 1300 reales. Se lo encargó Antonio Pérez, pintor de imaginería, que quién sabe si policromó algunas de las imágenes que habían salido del taller de Mesa en aquel tiempo. Debía tener de modelo el que había hecho para la Casa Profesa de la Compañía de Jesús, actual titular de la Hermandad de los Estudiantes (Sevilla).