El lienzo San Juan Bautista es la única obra de Tiziano del Museo del Prado que no procede de la Colección Real, sino del Museo de la Trinidad. Llegó en 1872 al Museo como "anónimo madrileño del siglo XVII" y, como tal, fue enviado catorce años después a la Parroquia de Nuestra Señora del Carmen en Cantoria (Almería).

En el catálogo de la exposición Tiziano en 2003, Miguel Falomir -Jefe del Departamento de Pintura Italiana y Francesa (hasta 1700) del Prado y comisario de la muestra- ya proponía la teoría de que la obra podía ser la copia de un San Juan Bautista de Tiziano perdido.

Así, el 3 de octubre de 2007, por orden ministerial, el Museo del Prado levantó definitivamente el depósito para su estudio y éste reveló que no era una copia sino un original de Tiziano. Características técnicas, como la preparación de albayalde con adición de carbonato cálcico, y la similitud del paisaje con los de otras obras de Tiziano de inicios de la década de 1550, permiten fechar entonces el cuadro del Prado.

Cuando pintaba una obra, y previendo eventuales encargos, Tiziano Vecellio solía realizar simultáneamente una copia. Esta copia se conservaba en la bottega (taller) hasta que Tiziano decidía transformarla en una réplica. Para ello introducía pequeños cambios que la diferenciaban de la composición de la que derivaba y convertían la réplica en un nuevo original. En ese momento se hacía una nueva copia, a fin de guardar un ricordo (modelo) para eventuales réplicas. El resultado es que no hay dos ticianos idénticos.

Este proceso se observa en las radiografías de las obras que se incluyen en la exposición Tiziano. San Juan Bautista, ya que muestran invariablemente la composición de la que parten. La radiografía de la última versión, la conservada por Patrimonio Nacional en El Escorial, muestra una composición diferente a la que se ve en superficie, con un santo más musculoso que viste un chaleco de piel de camello abotonada y descansa su mano derecha sobre el pecho, es decir, reproduce la obra del Prado. De la misma manera, la radiografía del San Juan Bautista del Prado deja ver el cuadro de la Accademia, el más temprano.

Los tres San Juan Bautista proporcionan el ejemplo más dilatado en el tiempo del modo cómo Tiziano (Pieve di Cadore, hacia 1488-1490 - Venecia, 1576) realizaba sus réplicas, pues entre la primera versión (Venecia, hacia 1530-1532) y la última (El Escorial, hacia 1565-1570), median aproximadamente treinta y cinco años.